Dana 17. rujna 1991. bez ikakvog povoda susjedi Srbi i JNA iz Lišana Tinjskih, Biljana i Zemunika Gornjeg izvršili su prvi topnički napad na Škabrnju. Krizni štab u selu organizira evakuaciju civilnog stanovništva (žena, djece i staraca) dvama autobusima, teretnim kamionima i osobnim vozilima u Zadar, koji se onda dalje upućuju (najveći broj) na otok Ugljan u turističko naselje u mjestu Kukljici, dok dio njih ostaje u ratom zahvaćenom Zadru kod svojih rođaka ili u hotelu Iž, koji je već tada bio predviđen za zbrinjavanje prognanika. Povratak civila natrag u selo redovito bi uslijedio nakon potpisivanja primirja.
U paklu svakodnevnog četničkog granatiranja Škabrnje pravo je čudo da do 18. studenog 1991. nitko od civila koji su se gotovo svi vratili nije stradao. Samo u razdoblju od 4. do 10. listopada 1991. na Škabrnju je palo preko 2000 raznih projektila. Najžešći napad na Škabrnju bio je 5. listopada, kada je poginuo Stanko Bilaver, zapovjednik 1. voda 1. čete pričuvnog sastava ZNG-a, prva škabrnjska žrtva, i jako je oštećeno nekoliko stambenih i gospodarskih zgrada. U više navrata zrakoplovi su raketirali selo, i tada je bačeno 8 kazetnih bombi, a na dvije neeksplodirane bombe nađene su i poruke “poklon ministru obrane od JNA” i “za Franjine štakore”.
Kobni 18. studenog – Srbi ulaze u Škabrnju
Tenkovsko-pješačke snage četnika i JNA za napad na Škabrnju tog sudbonosnog dana 18. studenog 1991. došle iz dva smjera. Tako je jedna kolona tenkova i oklopnih transportera s kamionima pješaštva prolazeći kroz Zemunik Gornji došla oko 7 sati na zapadni ulaz u Škabrnju. Istodobno je druga kolona tenkova i pješaštva došla iz pravca Biljana Donjih cestom Benkovac – Škabrnja – Zadar. Sam napad počeo je oko 7,30 sati iz raketno-topničkog oružja, oklopnih postrojbi s Debelog brda, Biljana, Zrakoplovne baze Zemunik, Smokovića, tenkova s područja Šarovina i Lišana Tinjskih. Glavni udar i težište napada agresora bili su na pravcu zapadnog ulaza u Škabrnju. Četnici i pripadnici JNA do središta sela i crkve Velike Gospe došli su predvečer oko 16,30 sati, goneći ispred tenkova zarobljene branitelje i civile kao živi štit.
Pred večer 18. studenog – počinje krvavi pir susjeda Srba i JNA
Civile, pretežito žene, djecu i starije osobe, koji su se sklonili u podrume i druge zaklonjene prostore, četnici i pripadnici JNA nasilno izvlače van i ubijaju hicima iz vatrenog oružja, najčešće s prigušivačima, ili nožem, a pritom neke od žrtava pred smrt muče i masakriraju. Srpska vojska i JNA ih je ubijala na najokrutniji način, gazeći ih tenkovima na očigled žena i djece. Oni civili koji su pošteđeni smrti, dovedeni su do zapadnog ulaza u selo u Ambaru, predio tzv. Krčmetine, gdje su ih sve skupili i predvečer teretnim kamionima i autobusom odvezli u Smilčić, Biljane Donje i na kraju u Benkovac, smjestivši ih najprije u vojarnu, a kasnije premjestili u tamošnji Dječji vrtić, gdje su na razne načine cijelu noć mučeni i ispitivani, od čega nisu bila pošteđena ni djeca. Tu su prenoćili i sutradan predani u Pristegu hrvatskoj strani.
Zarobljene odrasle muškarce (branitelje i civile) već su u Škabrnji odvojili od žena i djece i mučeći ih cijelim putem na očigled žena i djece odveli prema Benkovcu, gdje su trojicu ubili, a ostalih devet zarobljenih na taj dan završili su na koncu u kninskim kazamatima, prolazeći kroz najraznovrsnija mučenja i torture, dok konačno nisu razmijenjeni. Oni u Ambaru i središtu sela koji su imali sreće da ih četnici ne otkriju i uhvate pod okriljem noći, doslovno su satima puzali kroz polja, vinograde i jaruge, izvlačeći se iz četničkog okruženja prema Vlačinama, Prkosu, Jošanima i Galovcu, gdje su stigli promrzli i potpuno iscrpljeni od žeđi i gladi.
Tijela prvih 35 škabrnjskih žrtava, jugoslavenska je vojska predala u crnim najlonskim vrećama na Musapstanu kod Zadra, dovezavši ih iz Škabrnje u ukradenim teretnim kamionima. U nakani da prikrije zločin u Škabrnji jugovojska je odugovlačila s predajom tijela ostalih ubijenih, tako da su pod pritiskom predstavnika Međunarodnoga crvenog križa i europskih promatrača predali još 9 tijela, čime je ukupni broj žrtava dovezenih na Patologiju Zadarske bolnice do tada bio 44. Ostala tijela žitelja, njihovi ostatci kao i ostatci ostalih ubijenih koji su ostali u selu jer nisu htjeli napustiti Škabrnju, pronađeni su u masovnoj grobnici kod Osnovne škole.
O kakvom se zvjerskom masakru nedužnih ljudi radi, najrječitije govore opisi ozljeda koje su zadobili (podatci s Patološkog odjela zadarskog Medicinskog centra), kao što su: eksplozivne i prostrijelne ozljede glave u potiljak i zatiljak, prsnog koša i trbuha zadane iz najveće blizine, zgnječenje glave i prsnog koša izazvane gaženjem tenkom, odsječene uši i druge ozljede.